Tatkala Brunei mencapai kemerdekaan penuh pada tahun 1984, baginda dilantik sebagai Menteri Pertahanan dan dikurniakan pangkat Jeneral dalam Angkatan Bersenjata Diraja Brunei.

Pada 7 September 1986, baginda lindung beberapa minggu sebelum Puja Usia ke-72. Layuan baginda kemudiannya dimakamkan di Kubah Makam Diraja, Bandar Seri Begawan, bersebelahan dengan pusara isteri baginda Raja Isteri Pengiran Anak Damit, paduka ayahanda baginda, Sultan Muhammad Jamalul Alam II, paduka nenda baginda Sultan Hashim Jalilul Alam Aqamaddin dan juga paduka kekanda baginda, Sultan Ahmad Tajuddin, yang merupakan sultan sebelum baginda.